Avalik-õigusliku ülikooli autonoomia tagamisel on oluline see, kuidas toimub ülikooli tegevjuhtkonna ametisse määramine. Euroopa ülikoolide assotsiatsiooni 2009. aasta ülevaate andmetel iseloomustab Ida-Euroopa ülikoole traditsiooniline juhtimismudel, kus rektor valitakse sama ülikooli professorite hulgast ning ta juhib ka ülikooli nõukogu. Põhja- ja Lääne-Euroopa ülikoolides nimetab rektori enamasti ametisse kõrgeim otsustuskogu, rektor võib olla väljastpoolt ülikooli isik ning ta on aruandekohustuslik ülikooli kõrgeima juhtorgani ees. Samal kogul, kes rektori ametisse valis või nimetas, on õigus ka rektor ametist enne tähtaja lõppu vabastada.