1992. aasta märtsist asus Kert moodustama Kuperjanovi pataljoni. Ent pataljoniülemana polnud Kerdil suurt õnne. Kahtlustatakse siiani, et suvel, Kerdi äraolekul, tahtis veebel Jaak Mosin pataljoniga riiki kukutada. Pataljoniülemana lasi Kert maha ka ühe purjus allüksuse võitleja, kes Kalashnikoviga Võru linnas paugutas. Noormeest kinni võtma läinud Kert tulistas valangu suunas pimedusse. Tabamus oli surmav.

Kert oli viis aastat tagasi toonase kaitseväe juhataja Aleksander Einselni jaoks üks esimesi autoriteete ja kindral pidas teda oma mantlipärijaks. Kerdi, kui tulevase kaitseväe juhatajaga arvestati juba ammu ka kaitsejõudude peastaabis. Ometi ründas just peastaap Kerti kahtlaste grupeeringutega seotuses. Ajakirjanikele jagatud materjalid seostasid Kerti jäägrite mõrvagrupi, Tiit Vähi valitsuse ja metalliäriga. Tõenäoliselt olla Kert ka KGB või GRU mees. Ühe peamise argumendina heitsid vastased Kerdile ette kõrgema sõjaväelise hariduse puudumist, milleta ei saa kaitseväge juhatada.

12. jaanuaril 1996. määras president Lennart Meri Kaitseliidu ülema kolonelleitnant Johannes Kerdi Vello Loema asemel kaitseväe ülema kohusetäitjaks: kuni uue kaitseväe juhataja nimetamiseni.

Ent välja kaevati ka hulk aastatetaguseid “patte,” mis just nüüd Kerdile kraesse kirjutati: väidetav kaklus kaitseliitlastega, mis pidavat näitama madalat enesekontrollivõimet, poliitiline manipuleeritavus, segased lood Nõukogude sõjaväekomissariaadi toimiku ekspertiisi salastatusega. Oma osa andis ka kunagine “oma mees” Aleksander Einseln, kes süüdistas Kerti raha väljalaenamises, kui Kert Kuperjanovi pataljoni juhtis.

Riigikaitsekomisjon uuris Kerdi tausta: minevikku, olevikku ja võimalikku tulevikku. Kaitsepolitsei tegi ametliku avalduse, milles kinnitati, et neil puuduvad andmed tema seotusest GRU, KGB või mõne Vene föderatsiooni eriteenistusega.

23. jaanuaril 1996. aastal nimetati Johannes Kert Kaitseväe juhatajaks. Riigikaitsekomisjon toetas tema kandidatuuri, tõdedes siiski, et sõjalise haridusega on Kerdil kaunikesti kehvad lood. Lisaks süüdistati teda loogilise mõtlemise puudumises ning kehvas esinemis- ja käitumisoskuses. Jüri Põld Riigikaitsekomisjoni Reformierakonna fraktsioonist arvas: “Kerdil on omapära, et ta ei salli enda kõrval võimekaid ja tarku juhte.”

Kert ise nimetab tol ajal enda ümber toimuvat epideemiaks, kus otsitakse mingit solgiämbrit, milles sorida. “Mõni minu vastu käiv kaebus on oma olemuselt täiesti ilukirjandus.”

Täna arutab riigikogu kaitseminister Jüri Luige ettepanekud tagandada Kert. Seda toetab ka president Lennart Meri. Peaminister Mart Laari suhtes pole allikad ühte meelt. Ühed räägivad, et Laar isiklikult Kerdi vabastamist ei toeta. Teised kinnitavad, et Laari arvates tuleks Kert küll kohalt maha võtta, kuid hästi delikaatselt - nii et tüli ei tõuseks.

Kindral Kerdi karjäär tavamõistes on ebatavaline, mida ei saaks juhtuda üheski arenenud riigis. Eesti oludes aga üpris loogiline. Taasiseseisvumisel seisis riik põhimõttelise küsimuse ees: kas kasutada Kaitseväe ülesehitamisel NLiidu punaarmees teeninud ohvitsere või ,,täienduskursuste ja täiendõppe” kaudu või kujundada Läänes kiirkorras välja uus kaader.

Tegelikult on mõlemat varianti tasahilju juurutatud. Ants Laaneots ja Vello Loemaa nimed tulevad siin näidetena kohe esile. Ei ole ju ka Kert täiesti vaba punaarmee taustast. Aleksander Einselniga prooviti ka kolmandat võimalust, aga see katsetus lõppes üsna kurvalt ja kiiresti.

Ühe või teise kõrge sõjaväelase karjäärihüpped, soosingusse ja ebasoosingusse sattumine on tegelikult laiema taustaga asjad, mis tulenevad meie oma sõjaväekaadri traditsiooni puudumisest või õigemini hävitamisest.

Kõige halvem on seejuures Kaitseväkke olude sunnil sisse programmeeritud vastuolu noorte Läänes hea sõjalise hariduse saanud nooremohvitseride ja tihti punaarmee taustaga vanemohvitseride vahel.

Neist esimesed peavad juba läbi tegema tavapärase pika ja reeglipärase karjääri. Teised said aga mõne aasta jooksul majori ja koloneli pagunid ning püüavad iga hinna eest saavutatust küünte ja hammastega kinni hoida.

Kaitseväe juhataja põhiülesanne oleks seda vastuolu maksimaalselt üldise edasimineku huvides tasandada.