Eesti vähesed kiirevoolulised jõelõigud, kus oleks võimalik hüdroelektrit toota, on ühtlasi elupaigaks ka paljudele ohustatud kalaliikidele, sealhulgas lõhele, meriforellile, jõesilmule ja vimmale. Pärnu jõkke, Sindi paisust ülesvoolu jäävad looduskaitse ja kalamajanduse seisukohast oluliste kalaliikide kõige suuremad kudemisvõimalused Eestis (kui Narva jõge mitte arvestada). Kõik Eesti paremad lõhejõed on tammidega tõkestatud ja kokku on kudemiseks avatud jõelõikude pikkus Eestis praegu vaid ligikaudu 20 km. Sindi paisust ülesvoolu jääb kokku u 2600 km pikkune kudemiseks sobilik vooluvetevõrk. Sindi paisu poolt kalastikule tekitatava kahju rahalist väärtust on 2007. aastal tehtud keskkonnamõju hindamise aruandes hinnatud kuni 2,2 miljonile eurole aastas.

Kuigi arendaja lubab tagada kalade pääsu koelmutele, on tegelikkus selline, et igasuguse hüdroelektrijaama puhul suunatakse enamik vett ikkagi kalapääsudest mööda elektri tootmiseks, mistõttu kõik kalad ei leia teed koelmutele. Kudema pääsenud kalade marjast osa hukkub veetaseme kõikumise tagajärjel. Järgmiseks: kalamaimud peavad liikuma koelmult merre tagasi, aga enamik kalu satub merre ujudes peamise veevooluga hüdroelektrijaama turbiini.

Peale jaama on ohuks ka paisjärv, mida tuleb puhastada. Kõige lihtsam paisjärve setetest puhastamise viis on lasta setted allavoolu ära voolata. See aga katab koelmud mudaga ja kudemisvõimalused on aastateks rikutud.