Eesti inimõiguste keskus (EIK) on Harku väljasaatmiskeskuse tegevust jälginud juba üle nelja aasta. Sealne keskkond ja kinnipeetavate olukord on problemaatiline. Sellele on oma kontrollkäikude põhjal viidanud nii õiguskantsler kui ka EIK kliendid. 2013. aastal pidas õiguskantsler keskuse turvalisust ebapiisavaks. Samuti pole kinnipeetavatel alati olnud võimalik kohtuda oma lähedastega ning on kaevatud toidukoguste ja mitmekülgsuse puudumise üle.