Riik toetab nn pearahaga (peamiselt õpetajate palgaraha) võrdselt nii era- kui ka tavakoole. Ent 2011. aastast on kohalikud omavalitsused (KOV-d) pidanud kinni maksma ka erakoolide tegevuskulud (kooliruumide ülalpidamine jm). See on tekitanud vaidlusi, sest osa KOV-del polnud selleks raha ega tahtmist, mistõttu hakkas kulusid katma ikkagi riik. Nüüd tahab haridus- ja teadusministeerium taastada 2011. aastale eelnenud korra, mis muudab tegevuskulude katmise ­KOV-dele vabatahtlikuks. Tõenäoliselt tähendab see, et erakoolid hakkavad kohalikust eelarvest ja poliitikast rohkem sõltuma. (Osa omavalitsusi on lubanud koole edasi toetada, aga näiteks Tallinn vaidleb erakoolide rahastamise üle juba aastaid.) Seadus peaks jõustuma 2016. aastal.