Ülikooli päästis kurioossel kombel baltisaksa ja vahepeal valitsema hakanud Vene võimu ühine hariduspoliitiline huvi. 1802. aastal avati ülikool taas Tartus. Ajavahemikus 1804–1809 ehitati valmis ka praeguseni Tartu linna üheks sümboliks olev klassitsistlikus stiilis ülikooli peahoone.

Esimene eesti keele lektori ametikoht tekkis ülikooli 1803. aastal. 19. sajandi keskpaik oli omamoodi ülikooli kuldaeg, mil seal õppisid või õpetasid näiteks galvanoplastika leiutaja Moritz Hermann Jacobi, üks nüüdisaegse embrüoloogia rajajaid Karl Ernst von Baer, füüsikalise keemia üks rajajaid Wilhelm Ostwald, vere hüübimise fermentatiivse teooria ja vereülekande aluste väljatöötaja Aleksander Schmidt.

1. detsembril 1919 alustas tööd Eesti Vabariigi eestikeelne Tartu ülikool. Esialgset õppejõudude nappust aitasid leevendada teadlased ja õppejõud Soomest, Rootsist ja Saksamaalt.

Senised teaduskontaktid katkesid esimesel nõukogulikul õppeaastal 1940/1941, mil suleti ka üliõpilasühendused ja akadeemilised seltsid. Järgnenud Teises maailmasõjas hävis 22 ülikoolile kuulunud hoonet ja vara, õppejõudude ja teenistujate eluasemeid ning raamatukogusid.

Vanad traditsioonid ja akadeemiline sisu jõudsid Tartu ülikooli tagasi taasiseseisvumise ajal 1989–1992.

Aastast 2003 kuulub Tartu ülikool Coimbra gruppi, kuhu kuulub veel 36 Euroopa ülikooli.

25 aasta eest mängis Karis ülikooli pidustustel viiulit

1982. aastal tähistas Tartu ülikool 350. aastapäeva. Praegune rektor Alar Karis meenutas, et toonased akadeemilised pidustused ei erinenud tänavustest ja oma roll oli siis täita ka Karisel.

“Mina mängisin siis pilli – viiulit – ja osalesin tudengina aktiivselt nendel pidustustel,” lisas Karis.

Erinevalt tänavustest pidustustest ei väisanud Tartut Rootsi kuningapere esindajad, kuid kõrged parteitegelased püüdsid igal sammul esile tõsta oma tähtsust Tartu ülikooli ajaloos. “Kuid pidustustel on olemas akadeemilised reeglid ja see seab oma raamistiku, mis ei võimalda pidustustest teha mingit poliitilist, päevakajalist sündmust,” lisas Karis. Nii on pea kõigil ülikooli pidustustel akadeemiline aktus, rongkäik ja jumalateenistus.

“Eks Tartu ülikooli ajaloos on olnud keerukaid perioode, kus Rootsi-aegse ülikooli sünnipäeva on olnud keeruline pidada, ja see on mõistetav, et 25 ja 50 aasta eest oli peahoone punasesse kangasse mähitud, sest muidu poleks pidu lastud üldse pidada,” lisas Karis.