Kompetentsikeskusel ja liitmuuseumil on põhimõtteline erinevus: kui 15 muuseumist koosnev liitmuuseum on uus riigiasutus, siis muuseumide kompetentsikeskus on muuseume abistav organisatsioon, mille töötajad jäävad tööle oma senistesse töökohtadesse ja ei koondu pealinna.

Nii selgitas kompetentsikeskuse ideed Viljandi Muuseumi direktor Jaak Pihlak, vahendasid ERRI Uudised "Aktuaalset kaamerat".

Pihlaku hinnangul on liitmuuseumi loomine kultuuriministeeriumi algatatud mugavusreform, mille tulemusel moodustatakse kergesti kontrollitav bürokraatlik asutus.

Kultuuriministeeriumi asekantsler Anton Pärn ütles, et liitmuuseum ei tohi piirkondlikke iseärasusi nivelleerida, kuid parandab võimalusi saada Euroopa Liidu fondidest raha muuseumide arendamiseks, muuhulgas selleks, et kohalikku omapära saaks säilitada Euroopa Liidu raha abil.