Oma elu lõpuks oli 1972–1982 maailmaorganisatsiooni juhtinud mees kuulutatud mitmes riigis persona non grata’ks. USA-s kehtis talle viimased kakskümmend aastat sissesõidukeeld.

Skandaal Waldheimi ümber lahvatas vahetult enne seda, kui ta valiti 1986. aastal Austria presidendiks. Ajakiri Profil paljastas siis, et ta oli valetanud, kui väitis, et lahkus 1941. aastal Wehrmach-tist pärast haavatasaamist. Tegelikult teenis Waldheim aga SA üksuses, mis aitas deporteerida enam kui 40 000 Thessaloníki juuti Auschwitzi surmalaagrisse.

1987. aastal keelas USA talle kui väidetavale sõjakurjategijale sissesõidu. Hilisem USA justiitsministeeriumi ettekanne heitis Waldheimile ette ränki kuritegusid, süüdistades teda veretöödele kaasaaitamises ning nende tõenäolises organiseerimises. Üksus, kus ta teenis, osales ka 1942. aastal Josip Broz Tito partisanide verises mahasurumiskatses, mille käigus hukati tuhandeid tsiviilisikutest pantvange.

Waldheim ise eitas süüdistusi elu lõpuni, öeldes, et polnud veretöödest teadlik. Austria valitsuse uurimiskomisjon kinnitas viimaks siiski, et ehkki Waldheim ei võtnud isiklikult tapatalgutest osa, pidi ta neist teadma.

Ootamatu toetaja leidis rünnaku alla sattunud Waldheim tuntud natsikütist Simon Wiesenthalist, kes kaitses teda süüdistuste eest jõuliselt.

Paavst vihastas Iisraeli

1994. aastal vihastas Vatikan paljusid juute sellega, et paavst Johannes Paulus II võttis ta vaevalt kolm nädalat pärast Iisraeli riigi lõplikku tunnustamist vastu Pius IX ordu rüütliks. Varem oli kirikupea rahvusvahelistele protestidele vaatamata temaga isiklikult kohtunud.

Hilisemates intervjuudes on Waldheim ise öelnud, et just tema ümber puhkenud skandaal aitas austerlastel hakata mõistma ka oma rolli natside kuritegudes. Samas ei usu suur osa austerlasi, et Waldheim ise oleks mingeid veretöid toime pannud, ning süüdistused koguni suurendasid tema populaarsust presidendina.