Vormiliselt nad kogudust ei moodustanud, sest kandsid kuni 1911. aastani endistviisi Tallinna II baptistikoguduse nime. Eraldunud baptistid pidasid algul koosolekuid Suur-Juhkentali 2 Kontrami sauna kõrvalruumis, õhtusöömaaega aga Tatari 24 II korrusel jutlustaja Eduard Moringi korteris.

Ruumid olid liiga väikesed ning seetõttu panid koguduse liikmed raha kokku ja ostsid krundi Allika 5. Palvemaja ehitamiseks annetas Kristjan Kontram 28. veebruaril 1905. aastal 700 rubla ning 120 rubla eest ehitusliiva ja ahjupotte. Anton Kaarman annetas 100 rubla maksnud vagunitäie lupja, Jaan Tikerpäe 20 ruutsülda paekive, Eduard Moring katusepappi. Paljud teised koguduse liikmed annetasid vastavalt võimalustele raha. 12. juunil 1905. aastal õnnistati uus maja jutlustaja Eduard Moringi organiseerimisel, kes juhtis kogudust 1906. aastani.

1906. aastast töötas koguduse juures pühapäevakool J. Kadastiku juhtimisel, sama aasta septembris lisandus laulukoor. Enne I maailmasõda selle koori tegevus vaibus, kuid asutati noortekoor.

1950. aastal saabus lõpp

1922. aastast oli Allika kogudusel tihe koostöö Petesda baptistikogudusega, kes sai iseseisvaks 1919. aastal, kui Jälgimäe baptistikogudus lõpetas tegevuse.

23. märtsil 1922. aastal toimus Allika tänava palvemajas kahe koguduse ühiskoosolek. Järgnevatel aastatel oli koostöö sisukas, kuid suurem tagasilöök toimus 1926. aastal, kui Allika kogudusest lahkus usulistel põhjustel 28 liiget, kes moodustasid hiljem nelipühikoguduse.

25. novembril 1932 ühines Allika kogudusega 1922. aastast sama palvemaja kasutanud Petesda kogudus. 1932. aasta lõpus kuulus Allika kogudusse 252, 1934. aastal 302 liiget. Koos osakondadega oli kogudusel 1933. aastal 5 pühapäevakooli, kus käis 210 last.

1939. aasta veebruaris taotles kogudus luba pidada alalisi jumalateenistusi Toom-Rüütli 12 ning sama aasta mais ka Tehnika 17-1.

1939. aastal toimus ehitustegevus Kevade 7 krundil, kuhu ehitati palvemaja. Aastakümne lõpuks laiendas Allika Usuühingu Keskus oma tegevust oluliselt juba Paldiski mnt 46b-3.

1940. aasta juulis ja augustis tuli vabastada Nõukogude sõja-väelastele ka Allika 5 palvemaja ühes eluruumide ja tänavaäärse elumajaga. Sinna paigutati sõja-väeosa ning hiljem kasutati ruume laona.

Sõjajärgsed aastad tõid baptistide ellu suuri muutusi. 1950. aastal otsustati osa Tallinna vabakogudusi (baptistid, evangeeliumi kristlased, nelipühilased ja priilased) koondada Oleviste kirikusse. Kuue ühinenud koguduse hulka kuulus ka Allika kogudus. 17. septembril 1950. aastal oli esimene pühapäev, mil Allika koguduse palvemaja jäi tühjaks ning liikmed ruttasid Oleviste kiriku poole.