Selle asemel, et käsitsi lennuki kontroll üle võtta, tegi kes iganes lennu MH370 rajalt kõrvale juhtis, seitse või kaheksa nupuvajutust kapteni ja kaaspiloodi vahelisel paneelil. Flight Management System (lennu juhtimissüsteem - toim), mille nime all lennuki pardaarvutit tuntakse, juhib lennukit ühest punktist teise plaani järgi, mis on enne lendu kinnitatud. Ei ole kindel, kas lennuki teekond muudeti enne õhkutõusmist või juba õhus.

Asjaolu, et Pekingi kursilt kõrvale kaldumine oli programmeeritud pardaarvutisse, on suurendanud uurijates usku, et lend juhiti tahtlikult lennutrajektoorilt kõrvale ning juhtumi taust on kuritegelik. Esimesena väljendasid seda mõtet Malaisia ametivõimud. Samuti on tänu sellele hakatud uurimises rohkem rõhku panema piloodile ja esimesele ohvitserile.

Malaisia ametivõimude sõnul oli kaaspiloot viimane inimene kokpitis, kes 8. märtsil maapealse kontrollkeskusega rääkis. Selle järelduse tegid nad sellest, et teine automeeritud süsteem lennukis, Aircraft Communications Addressing and Reporting System, Acars, oli selleks hetkeks välja lülitatud, kui kaaspiloot maapealse kontrollkeskusega suhtles.

Lennu MH370 lennujuhtimise süsteem raporteeris oma staatust Arcasesse, mis omakorda edastas selle info hooldusbaasi, rääkis Ameerikast pärit ametnik New York Timesile. See näitab, et ümberprogrammeerimine pidi juhtuma enne, kui Arcas välja lülitati. Arcas kommunikatsioonisüsteem lõpetas töötamise umbes samal ajal kui lennukiga kaotati suuline raadioside ja ka lennuki automaatsaatja-vastuvõtja peatas töö. See asjaolu suurendab ametivõimude kahtlust, et lennuki kadumise põhjus on kuritegelikku päritolu.