Alustati Leedust, mille hõivamine võimaldas lõigata läbi maismaaühenduse Baltimaade ja ülejäänud Euroopa vahel. 14. juunil esitas Moskva Leedule noodi, nõudes Punaarmee lisaüksuste riiki lubamist ja Kremlile meelepärase valitsuse moodustamist. Eestile ja Lätile edastati analoogsed ultimaatumid 16. juunil. Kuna sõjaline vastupanu näis lootusetu, eelistasid Balti riikide valitsused sõjalisele konfliktile ja avalikule protestile hääletut alistumist.
Töölisrongkäik Tallinnas

17. juunil hõivasid baaside väed Tallinna ja 90 000 idapiiri ületanud punaväelast ujutasid Eesti üle. Narvas Nõukogude väejuhatusega kohtunud kindral Johan Laidoner kirjutas alla Narva diktaadile, mille põhjal Punaarmee võttis kontrolli alla suuremad asulad, raudteejaamad ja sidekeskused. Ühtlasi pidi Eesti valitsus relvitustama kaitseliidu ja keelustama rahvakogunemised.

Kuna sõjaline vastupanu näis lootusetu, eelistasid Balti riikide valitsused hääletut alistumist.
Kuna ultimaatumis nõuti ka valitsuse asendamist, astus Jüri Uluotsa kabinet tagasi. Uus valitsus koostati Nõukogude Liidu Tallinna saatkonnas Eestisse saabunud kõrge parteijuhi Andrei Ždanovi kureerimisel. Ühtlasi tegi saatkond kohalikele vasakradikaalidele ülesandeks korraldada valitsusvastaseid meeleavaldusi. Need toimusid 21. juunil kümmekonnas linnas ja töölisasulas. Tallinnas kogunes mõni tuhat inimest miitingule, kus nõuti Uluotsa valitsuse tagasiastumist. Vabaduse väljakult suundusid meeleavaldajad Punaarmee soomukite saatel Toompeale ja sealt Kadriorgu. Presidendilossi ees kutsusid mõned käremeelsed oraatorid üles revolutsiooni alustama ning nende järgijad võtsidki koos punaväelastega üle valitsushooned, politseijaoskonnad ja ajalehtede toimetused. Patarei vanglast vabastati paarkümmend „poliitvangi” (Nõukogude Liidu salakuulajad ja terroristid) ja Pika Hermanni torni heisati punalipp.
Töölisrongkäik Tallinnas
Rahvasaadikud hääletasid Eesti Nõukogude Liidu koosseisu astumise poolt.

21. juuni õhtul kinnitas toimuvast šokeeritud president Konstantin Päts ametisse Johannes Vares-Barbaruse valitsuse, kuhu kuulus küll hulk vasakmeelseid, kuid mitte ühtegi kommunisti. Nende võimuletulekule ei viidanud ka valitsuse töökava, milles räägiti kodanikuõigustest, üldisest heaolust ja heanaaberlikest välissuhetest. Kuid ultimaatumivalitsusel polnud tegevusvabadust ja tema ainsaks rolliks kujunes Moskva käskude täitmine. Riigi- ja omavalitsusametnike järkjärgulise tagandamise kaudu libisesid vabanevad võtmekohad kommunistide kätte.

Valimiste ühetaoline stsenaarium

Juuli alguses kuulutas Päts välja parlamendi alamkoja ehk riigivolikogu valimised (teist koda ehk riiginõukogu ei moodustatud). Nn Balti valimised toimusid Eestis, Lätis ja Leedus üheaegselt (14.–15. juulil) ja ühetaolise stsenaariumi järgi. Kõigis ringkondades seati üles üks Moskva-meelne kandidaat ning rahvusliku opositsiooni esindajad tõrjuti kõrvale. Laialdaselt kasutati valijate mõjutamist.

Selle tõttu pääses riigivolikogu 80 kohale 45 kommunisti. 21. juulil kuulutas riigivolikogu Eesti nõukogude sotsialistlikuks vabariigiks ja otsustas paluda selle vastu võtta NSV Liidu koosseisu.

6. augustil langetas NSV Liidu ülemnõukogu otsuse ühendada Eesti Nõukogude Liiduga (paar päeva varem liidendati samal moel Leedu, Läti ja Moldova).
1940