Kõige rohkem arusaamatust on põhjustanud kokku lepitud kohustus, et ENSV RJK (Riiklik Julgeoleku Komitee) annab ekspertkomisjonile üle ENSV RJK struktuuri ja koosseisude nimestiku. Seega ei saadud kätte ENSV RJK isikkoosseisu nimekirju, mida kõige esmases järjekorras oleks tulnud küsida, vaid ainult ametikohtade loetelu. Kas selline “eksitus” võib olla juhuslik või ebakompetentsusest tingitud, sellele uurimiskomisjon vastust pole leidnud. /---/

##Arusaamatu on, kuidas sai Eesti nõustuda arhiivide ülevõtmise kokkuleppega, millele Eesti poolt kirjutas alla politseiameti tolleaegne peadirektor Jüri Nurme. Kokkulepe sätestas, et kõik muud materjalid, mis asusid ENSV RJK peamajas või olid toodud sinna rajooniosakondadest, k.a erikontrolli materjalid, mida polnud nimetatud 9. oktoobri 1991 protokollis, võidakse ekspertkomisjoni otsusega hävitada, juhul kui nad ei paku kokkuleppe osapooltele ajaloolist või muud huvi.

Peale selle, et antud punktiga rikuti valitsuse määrust , mis keelas arhiivide hävitamise ja käskis likvideeritavate asutuste dokumendid anda üle arhiiviametile, jääb mõistetamatuks, kellel oli pädevust ja voli otsustada ja kokku leppida, millised KGB materjalid pakuvad Eesti riigile ajaloolist või muud huvi, ning millised mitte.

/---/ Veenvad ei ole valitsuskomisjoni juhi Aasmäe uurimiskomisjonile antud selgitused selle kohta, et ta ütles arhiiviameti pakutud abist ära, kuna oli otsustatud, et ENSV RJK arhiivid jäävad politseiameti arhiivi ehk tegelikult samasse kohta, kus nad olid.

Selgemaks saab sellega tehtud viga RJK nn väljasõidutoimikute ülevõtmise taustal, mis on põhjustanud arvatavasti kõige suuremat poleemikat kogu ENSV RJK likvideerimisel. Kui Eesti Vabariigi ja NSVL RJK vahel 9. oktoobril 1991 sõlmitud protokolliga ja 24. oktoobril allkirjastatud kokkuleppega üleandmiseks ettenähtud ENSV RJK muud arhiivid loeti üle, siis nn väljasõidutoimikuid üle ei kontrollitud, vaid vormistati akt, mille alusel anti üle toimikud numeratsiooniga 1-87 000. Kui palju väljasõidutoimikuid tegelikult oli, on praegu võimatu öelda. Kui nad 1993. aastal üle loeti, oli neid 48 846. (...) /---/

Valitsuse korraldus 26. augustist 1991 käskis ENSV RJK esimehel Rein Sillaril peatada RJK tegevus Eestis ning siseministril Laanjärvel tagada ENSV RJK tööruumide sulgemine ja pitseerimine.

Reaalselt võeti KGB osakond üle vaid Tartus. Mujal vormistati KGB osakondade ülevõtmine alles oktoobri lõpus ja novembri alguses. Mingeid dokumente ega muid materjale osakondade ülevõtmisel ei fikseeritud, v.a Viljandis, kus vormistati aktiga ühe koti julgeolekumaterjalide üleandmine ENSV RJK esindajale Vladimir Poolile. Pooli ütluste kohaselt leiti Viljandi osakonna seifist ka nimekiri KGB usaldusisikutest. Algselt olevat temalt nõutud, et ta annaks selle Eesti poolele üle, kuid kuna ta olevat lubanud selle nimekirja kohapeal valjusti ette lugeda, nõustuti antud nimekirja ja muude leitud dokumentide üleandmisega (sisuliselt tagasiandmisega) julgeolekukomiteele.

Veelgi drastilisem on Tartu juhtum, kus osakonna ülevõtmisel leiti suur hulk dokumente, mis suleti pitseeritud kottidesse. Lõppkokkuvõttes anti 8 kotti dokumente oktoobri lõpus, väidetavalt valitsuskomisjoni korraldusel, aktiga tagasi julgeolekukomiteele. /---/

Omaette küsimuseks jääb, kuidas sai võimalikuks, et ENSV RJK osakondadest, mille tegevus pidi olema peatatud ja ruumid suletud ning pitseeritud, ei leitud ülevõtmisel enam mingeid dokumente, kui näiteks Tartu osakonna ülevõtmisel leiti.