Lapsena Pärnus koolis käinud ja siiani peaaegu igal aastal Eestit külastava Jakunini võimalikust raudteejuhi kohalt lahkumisest hakati rääkima pärast tänavu jaanuaris Domodedovo lennujaamas toimunud terroriakti, mille järel Medvedev avastas turvakontrolli puudumise Moskva Kiievi vaksalis ja tegi selle eest Jakuninile avaliku peapesu.

Jakunin juhib Venemaa Raudteesid 2005. aastast. Selle ajani asetranspordiministrina töötanud Jakunini määramist Venemaa suurima ettevõtte juhiks toetas isiklikult tollane president Vladimir Putin. Putin ja Jakunin on Venemaa ajakirjanduse andmeil olnud aastaid väga heades suhetes. 2007. aastal, kui Putin ot­sis endale järeltulijat Venemaa presidendi kohale, räägiti ka Ja­kuninist kui ühest kandidaadist. Jakunin ise on intervjuudes alati poliitilisi ambitsioone eitanud.

Jakunin juhib Venemaal ka mõjukat fondi, mis toetab Venemaa õigeusu kirikut. Peamiselt just selle fondi esimehena ongi ta viimastel aastatel Eestit külastanud. Eelmise aasta lõpul, kui lähenesid riigikogu valimised, seostas kaitsepolitsei Jakuninit katsega rahastada Eesti Keskerakonda.