Kooliõpetaja teed alustas Ferdinand Eisen Molnika kuueklassilises koolis ja Varbla algkoolis, olles aastal 1939-1940 ka sama kooli juhataja. 1940. aastast siirdus ametiühingutööle kuni 1947. aastani, olles Teise maailmasõja ajal tööl Nõukogude tagalas. Ta on töötanud õppejõuna Tallinna Polütehnilises Instituudis ja Vabariiklikus Parteikoolis. 1959. aastast töötas ta taas Tallinna Polütehnilise Instituudi filosoofia kateedri õppejõuna, seejärel lühiajaliselt Kõrg- ja Keskerihariduse Riikliku Komitee valitsuse juhatajana.

1960. aasta aprillist nimetati Ferdinand Eisen Eesti NSV haridusministriks, kellena töötas kuni pensionile jäämiseni juulis 1980. Alates 1980 kuni 1988 töötas Eisen ka Tallinna Pedagoogilises Instituudis õppejõuna ja aastail 1988-1990 Pedagoogika Teadusliku Uurimise Instituudis teadustöötajana.

Eesti oli tollases Nõukogude riigis erandlik oma 11-klassilise eesti õppekeelega kooli tõttu, süvaõppega muusika- ja kunstikoolide, originaalõpikute ja õpikute fondeerimise, diferentseeritud õppe, loodusalase ja esteetilise kasvatuse tähtsustamise tõttu (koolialmanahhid, koolinoorte laulu- ja tantsupeod ning õpilastööde üleriigilised näitused, rahvusvahelised esteetilise kasvatuse konverentsid).

Mõnedki Eesti NSV haridusministri algatused (kooliks ettevalmistamise rühmad, viiepäevane koolinädal jm) leidsid hiljem rakenduse teistes tollastes liiduvabariikides. Õpikute fondeerimiseni näiteks jõuti mujal 1978. aastal, Eestis toimus see aastal 1968.

Eiseni algatused olid läbimõeldud, ei tähendanud tsentraalsete lisaressursside nõudmist. Näiteks õpilaste toitlustamise kulud kaeti piima normaliseerimisest saadud tulude arvelt, koolihoonete ehituseks ja rekonstrueerimiseks vajalikud summad ettevõtete kasumite arvelt, õpilasliinid seati sisse koolivõrgu korrastamisega kokkuhoitud summadest.

Haridusrahva lugemislaual on Ferdinand Eiseni koostatud "Õigus haridusele" (1979), "Koolile pühendatud elu. Johannes Käis 1885-1950" (1985) ja "Kooli-raamat: Johannes Käis" (1996). Ta oli Johannes Käisi tööde taastrükkide toimetaja ning "Ökoloogilise kasvatuse alused" (1987) ja "Eesti kooli ajaloo" esimese köite (1989) peatoimetaja. Eiseni sulest on ilmunud arvukalt kirjutisi eesti kooli ja pedagoogika ajaloost, kasvatusest ning ökoloogiaharidusest.