Ajakiri Akadeemia taastati 1989. aastal mitme tuntud eesti kirjaniku eestvõttel „Eesti Kirjanike Liidu kuukirjana Tartus” – sõnad, mis seisavad seni iga Akadeemia vihu päises. Ning asjaolu, et tegu on Kirjanike Liidu ajakirjaga, on lõpuks taganud selle, et läbi aastate on peaaegu igas Akadeemia numbris tõepoolest ilmunud kimbuke ilukirjandust. Teatud süvenemisastmel on kirjandustekste Akadeemia veergudel peetud lahedaks hingamisruumiks tõsisemate ja raskemate teadustekstide või esseede vahel. Aga kirjandusele Akadeemias võib läheneda ka just vastupidisest vaatepunktist, sellisest, kus ilukirjandus on tõstetud esimesele plaanile ning muud tekstid projitseeruvad selle taustale. Niisugust pahupidi keeratud Akadeemiat püüabki ajakirja peatoimetaja Toomas Kiho analüüsida nende ilukirjandustekstide põhjal, mis siin on 25 aasta jooksul avaldatud.

Inventuuriga jätkab universalia-osakonna toimetaja Kalle Hein, kes annab ülevaate 25 aasta jooksul 300 numbris avaldatud loodusteaduslikest artiklitest. Kokku on selliseid artikleid ilmunud 445 kogumahuga 8414 lehekülge. Keskmiselt teeb see 17,8 artiklit ja 336 lehekülge aastas ning 1,48 artiklit ja 28 lehekülge ajakirjanumbris. Temaatiliselt võib ilmunud artiklid jagada 43 valdkonda. Kõige rohkem on ilmunud artikleid füüsika teemadel — 65; nende kogumaht on 1147 lehekülge. Pingerea eesotsas on veel geograafia (60/1193), meditsiin (36/691), matemaatika (30/586), loodusfilosoofia (27/343), bioloogia üldküsimused (23/380), keskkonnakaitse (16/288), evolutsiooniõpetus (15/321) ja psühhiaatria (15/297). Loodusteaduslike artiklite autoreid on 25 aasta jooksul olnud 354. Neist 210 on olnud Eesti (59%) ja 144 välisautorid (41%). Viljakaimad Eesti autorid on olnud geograaf Ott Kurs (27 artiklit), füüsik Piret Kuusk (14) ja metsandusteadlane Toivo Meikar, kellelt on ilmunud 10 artiklit. Välisautoritest on enim artikleid ilmunud Albert Einsteinilt (4) ja Ernst Mayrilt (3).

Artiklite kõrval on Akadeemias järjejutuna ilmunud ka pikemaid loodusteaduslikke käsitlusi, autoriteks Stephen Hawking, Alo Jüriloo, Ian Stewart, Matt Ridley, Jaak Lõhmus, Henri Poincaré ja Werner Heisenberg.

Loodusteaduste süvahoovuste kulgu aitab lahti mõtestada toimetuse kolleegiumi liige Piret Kuusk, kes selgitab, et teoreetilises alusfüüsikas võib näha kahte tüüpi matematiseerimist: 1. „Alt üles tee” algab katse- ja vaatlustulemustest ning seob matemaatikat ja muid vahendeid kasutades need ühtseks teooriaks, mida siis võimalikult paljude järelduste empiirilise kontrollimisega kinnitatakse; sageli juhtub, et teooriat on vaja täiendada või muuta. 2. „Ülalt alla tee” valib keerulise ja arenenud matemaatikateooria ning tõlgendab seda füüsikanähtuste terminites; saadud matemaatiline mudel on sageli kasina katselise kinnitusega. Kui matemaatika on juba kord mängu toodud, võib see hakata etendama võrdlemisi iseseisvat osa: algseid võrrandeid vaadatakse sobivate matemaatikateooriate üldistes raamides ja nende kaudu tuleb füüsikateooriasse palju muid matemaatilisi entiteete, millel puudub otsene tõlgendus füüsikanähtuste valdkonnas. Füüsika ja matemaatika tunduvad lootusetult segi minevat. Filosoofil tekib siin küsimus olemuse kohta: kui füüsikalisi objekte pidada reaalselt olemasolevaks, kas peaks see siis kehtima ka füüsikateooriates esinevate matemaatiliste objektide kohta? Filosoofid Quine ja Putnam on teinud ettepaneku omistada füüsikalistele ja matemaatilistele entiteetidele ühesugune ontoloogia. Pidades silmas nüüdisaegseid füüsikateooriaid, vaeb autor seda ettepanekut ja me jõuame järeldusele, et kuigi paljudes teooriates pole tõesti võimalik selgepiiriliselt eristada füüsikalisi entiteete matemaatilistest, ei ole see nii kõigis teooriates ja seega pole Quine’i-Putnami argument üldkehtiv.

Kolleegiumi liige Ülo Matjus tuletab meelde, et juba Akadeemia esimeses numbris (mai 1937) oli ajakiri oma programmiliseks eesmärgiks seadnud teadusliku interdistsiplinaarsuse — ehkki veel otseselt seda mõistesõna kasutamata. 1989. aastal seadis Akadeemia peatoimetaja Ain Kaalep kunagist katkestatud teed uuesti jätkava ajakirja ülesandeks — juba eksplitsiitselt — kujundada „interdistsiplinaarset, sünteesidele pürgivat mõtlemist”. Edasi käsitleb autor põhjalikumalt mõistete distsipliin, distsiplinaarne ja interdistsiplinaarne~interdistsiplinaarsus üldkeelelist tähenduslikkust, liikudes seejärel filosoofiaajaloo alale. Toetudes Edmund Husserli moodsa fenomenoloogia kui varasemaist erineva, põhimõtteliselt uue, teistsuguse mõtlemislaadi tekke- ja edasisele kujunemisloole, näitab ta, kuidas see tänapäeva olulisimaid filosoofilisi mõtlemis- resp. uurimissuundi leidis interdistsiplinaarsuses „vaikimisi” oma alguse 19. sajandi lõpukümnendeil, s.t ammu enne seda, kui interdistsiplinaarsuse mõiste ise tuleb eksplitsiitselt käibele, mis sünnib alles 20. sajandi keskpaiku. Tegemist on silmapaistvalt eksemplaarse näitega interdistsiplinaarsuse viljakuse kohta filosoofia ja filosoofilise mõtlemise uuemas ajaloos. 

Universalia-osakonna toimetaja Jaan Kangilaski annab ülevaate ühe 20. sajandi esimese poole silmapaistvaima ja olulisima mõtleja, Inglise filosoofi George Edward Moore’i (1873–1958) mõningatest vaadetest, mille poolest ta ehk kõige enam väärib nimetamist üheks analüütilise filosoofia rajajaks. Moore’i käsitluse järgi on filosoofiline analüüs mõistete, tähenduste ja propositsioonide kui mittelingvistiliste entiteetide analüüs. Moore’i jaoks on keel kindlasti vahend või tööriist — ta ei ole aga filosoofia uurimisobjekt ega teema. Üks tähtsamaid Moore’i filosoofia koostisosi on ta analüütiline meetod. Analüüs tähendab esmalt sarnaste või samakõlaliste, aga eritähenduslike küsimuste konglomeraadi jagamist üksikuteks elementideks. Teisiti öeldes on analüüs komplekssete mõistete ja keeruliste struktuuride lahutamine osadeks ja nende vaatlemine eesmärgiga öelda lõpuks midagi terviku kohta. Moore ise ei põhjendanud oma meetodit teoreetiliselt, vaid lihtsalt praktiseeris seda ning seetõttu pole päris üheselt üteldav, mida analüüs Moore’i jaoks tähendas. Kuid meetod on jäänud pinnale tänapäevalgi. Meetod muutub filosoofias oluliseks alati perioodi lõpul, kui selle tulemused pole olnud sellised, nagu oodati — nagu pärast keskaega, nii ka pärast 19. sajandit, kui lootused filosoofiliste süsteemide paikapidavusele olid purunenud: nad langesid oma raskuse all kokku juba enne täielikku valmimist. 

Meie kurvastuse eesti keele lõplikust valmimatusest pühib meeltest Akadeemia kolleegiumi liige Tiit Hennoste. Ta selgitab, et eesti keel on erinevate allkeelte süsteem, millest kirjakeel ei ole hoopiski meie emakeel, vaid koolis õpitud, keelekorraldajate konstrueeritud keel. Seevastu kodumurrak-emamurrak on see, milles me kõnelemist alustame ja kanname endaga kaasas nagu tigu oma koda. Emamurrakut kõnelesid inimesed kunagi elu lõpuni, sest nad elasid oma elu sama murraku piirides. Nüüdsel ajal korjame lisaks emamurrakule oma keelde isikliku elu liikumise lugu, näiteks kolides Lääne-Eestist Lõuna-Eestisse lisame oma keelde ka uue koha jooni. Sama käib keeleajaloo kohta. Igas keeles on korraga koos minevik, olevik ja tulevik. Me võime võtta inglise laenu „läptop”, keskaegse alamsaksa laenu „arst” ja 6000 aastat vana uurali tüve „ema” ning saada kokku lause „Arsti läptopis oli emakeelne programm”. Selle lause sõnad ehitavad silla üle tuhandete aastate. Emamurrak on meie olemise koda. Kui tigu oma koja kaotab, siis on ta surnud. Aga muidugi võib ta aja jooksul ka muutuda. Tulemuseks on uut tõugu, kojata tigu. Kui teo koda jääb väikseks, pole tal enam kohta varjuda. Kui keel jääb seisma, siis ei mahu ta enam meie maailma ära. Nii on meie kõigi ülesanne luua iga päev seda keelt üha uuesti ja uuesti. 

1989. aastal taasilmunud ajakirja esimene peatoimetaja oli kuni 2002. aastani Ain Kaalep, kes on pakkunud avaldamiseks oma nooruses, aastatel 1939–1940 kogutud autogrammid, kirjeldades lühidalt ka nende „hankimise” võtteid. Näidistena on trükitud tuntud eesti kultuuri- ja ühiskonnategelaste pookstaveid: kirjanikest on esindatud Gustav Suits (1883–1956), Friedebert Tuglas (1886–1971) ja Oskar Luts (1887–1953), õpetlastest Tartu eesti ülikooli esimene rektor Henrik Koppel (1863–1944), entsüklopedist Richard Kleis (1896–1982), keeleteadlane Paul Ariste (1905–1990) ja kirjandusteadlane Daniel Palgi (1899–1988).

Sellest, et meie tundeharidust kasvatanud kirjanike elu võib ka ebaõiglaselt karm olla, annab tunnistust humaniora-osakonna toimetaja Mart Orava uurimus Hugo Raudsepa (1883–1952) viimasest eluaastast. Aastail 1940–1953 arreteeriti Eesti Nõukogude Sotsialistlikus Vabariigis umbes kaheksakümmend literaati, kellest kümme hukkus. Viimase arvu suurenemise hoidis ilmselt ära Stalini surm. Kirjanike vangistamine oli üks tee eesti rahvuskultuuri hävitamiseks, mille kõrvale mahtus hulk muid võimalusi. ENSV Riikliku Julgeoleku Ministeeriumi töötajad vangistasid Hugo Raudsepa 11. mail 1951. aastal Tallinnas kui “eesti kodanliku natsionalisti”. 15. septembril 1951. aastal mõistis NSVL Riikliku Julgeoleku Ministeeriumi Erinõupidamine ta „NSVLile vaenuliku tegevuse ja nõukogudevastase agitatsiooni eest” kümneks aastaks „parandusliku töö laagrisse”. Ta suri 15. septembril 1952. aastal Ozjorlag’is.

Tartu rahulepingut võib pidada Eesti riikluse oluliseks aluskiviks, kuid tal on ka omad teravad, esialgu varju jäänud nurgad, mille toob ilmsiks kolleegiumi liige Eero Medijainen. Tänu rahulepingule muutusid Eesti kaubandussuhted Nõukogude Venemaaga tundmatuseni — 1920. aasta maist kuni detsembrini suundus Tallinna kaudu Läände 76% kogu Nõukogude impordi mahust. Suures äris lõi kaasa ka Eesti poliitikute asutatud poolriiklik osaühing Revalis. Selle ameeriklasest peaosanik Max Rabinoff sõlmis suhted nõukogude võimu esindajatega USAs ja Tallinnas ning oli 1920. aasta kevadel valmis vahendama enam kui 100 veduri ostu USAst. Samal ajal puhkes sõda Poola ja Nõukogude Venemaa vahel, kus mõlemad pooled tundsid suurt puudust transpordivahenditest. Seepärast iseloomustatakse seda sõda mõnikord ka viimase konfliktina, mis peeti peamiselt ratsaarmeede toel. Vedurite ost Eesti kaudu jõudis lepingute sõlmimiseni just nimelt konflikti puhkemise ajaks. Tehing jäi siiski pooleli, sest USA ametiasutused kuulutasid vedurid viimasel hetkel strateegiliseks kaubaks, mille müük sõdivatele pooltele keelustati. Võimalik, et see päästis ka Euroopa enamlikust maailmarevolutsioonist.

Aastatel 1989–1990 oli universalia-osakonna toimetajaks Olaf Langsepp. Talle meenub kaks „müstilist” meest, kelle tekste ta avaldada aitas — Bô Yin Râ, kodanikunimega Joseph Anton Schneiderfranken (1876–1943), Saksa kunstnik ja kirjanik, ning Emanuel Swedenborg (1688–1772), geniaalne Rootsi teadlane, filosoof, teoloog ja müstik… Hiljem, pensionärina, kirjutas ta veel tartlasest Georg Hackenschmidtist (1877–1968), maailmakuulsast raskejõustiklasest, kellest mingi müstilise satori-taolise elamuse tagajärjel sai omalaadne filosoof.

Tegevtoimetaja Indrek Ude on kirjutanud nukufilmi kirjandusliku stsenaariumi „Hull lehm Europe”. — Väärakad bürokraadid toovad heasüdamliku lehma karjamaalt linna, kuid ei oska teda lüpsta. Selleks et piima saada, tehakse looma kallal eksperimente, mis ajavad ta lõpuks nii hulluks, et kogu Euroopa kultuur satub hävimisohtu.

Euroopa 20. sajandi karistusõigust iseloomustab ka enklaavide teke. Nn põhikaristusõiguse piires või ka sellest lähtudes on tekkinud eriomased valdkonnad, mis arvestavad küll karistusõiguse üldosas sisalduvaid vastutusaluseid ja piire, kuid mille sanktsioonisüsteem ja eriosa normide eripära on suur. Akadeemia kolleegiumi liige Jaan Sootak vaatleb neist nelja: majanduskaristusõigust, alaealiste karistusõigust, haldus- ehk väärteokaristusõigust ja turvakaristusõigust. Majanduskaristusõigus kujutab endast maailma, mida põhikaristusõigus püüab küll ohjata, kuid mis toimib oma seaduspärasuste järgi. Alaealiste õigusrikkumisasju (välja arvatud kriminaal- ja väärteoasjad, mida lahendatakse üldkorras) arutab maakondlik alaealiste komisjon, mis tegutseb haldusmenetlusõiguse järgi, tehes siiski põikeid ka kriminaalmenetlusse (erikooli suunamise otsustab kohus). Nii kuriteo kui ka väärteo karistatavuse alused ja piirid tulenevad karistusseadustiku üldosast, kuriteokoosseisud sisalduvad ainult eriosas, väärteod enamasti aga haruseadustes. Seega jaguneb karistusõigus kuritegusid käsitlevaks kriminaalõiguseks ja väärtegusid käsitlevaks väärteoõiguseks. Tänapäeva ühiskonda iseloomustab muu hulgas üha suurem tähelepanu ohutõrjele, püüded tagada ühiskonnaliikmete turvalisust. Protsess on ilmselt pöördumatu, sest vaevalt jõuab karistusõigus kunagi tagasi seisu, kus ta ei pidanud ühiskonda mõjutama, vaid absoluutse karistusteooria mõttes üksnes kuriteo eest tasuma ja seega tootma õiglust. Klassikaline karistusõigus kujunes välja 19. sajandil, 20. sajand tõi enklaavid ja 21. sajand näitab, kas terviklik karistusõigus jääb püsima.

Kolleegiumi liige Jaak Aaviksoo on veendunud, et hariduses peab hakkama tegema selliseid muudatusi, mis viiksid meid maailma kõrgtaseme keskmesse — vastasel juhul võib Eesti peale geograafilise asendi ka oma mõttelaadilt Euroopa ääremaaks jääda. Et Eesti saaks suletuse probleemist jagu, tuleb senisest veelgi rohkem tähelepanu pöörata välismaal õppimisele, kartmata sealjuures niigi kriitilisel piiril oleva rahvaarvu vähenemist. Minemisest rohkem teeb muret rahvusvahelistumise teine tahk — (tagasi)tulemine. Esiteks ei taha paljud paremast elukeskkonnast tagasi tulla ja teiseks on võõraste vastuvõtmine rahvuslikul tasandil raske — kas me jääme kestma, kui omad vahetuvad võõraste vastu? Paraku need hirmud pikemas perspektiivis tugevamaks ei tee.

Tänapäeva kiirustavas ja globaliseeruvas maailmas, kus reaalsus ja virtuaalsus on segunemas, kaob teinekord siht silme eest. Meie kolleegiumi liige Jüri Engelbrecht uurib, millega tegelevad oma kitsama eriala kõrval teadlased, kes soovivad mõttejõu üldistele probleemidele suunata, ning tutvustab Maailma Kunsti ja Teaduse Akadeemia (World Academy of Art and Science — WAAS) tegevust ning lõpuks esitab neid küsimusi ka Eesti vaatevinklist. Kas me siin Eestis järgime arusaamu koostööst, sotsiaalsetest väärtustest, tasakaalust ühiskonnas ja kõigi õiguste arvestamisest? Kas võim toetab mõtlemisvõimet ja analüüsivaid ettepanekuid? Paraku vohab meil formalismi ülistamine, mis teaduskorralduses ometi peaks puuduma. Kui aga suur osa teadlaskonnast pole korraldusega rahul, on midagi väga valesti. Teadust ei saa juhtida nagu firmat, ajades taga kasumit ühest tellimusest (loe: projektist) teiseni. Kaasamiskultuur tundub ametnikke segavat, sest nende meelest on vaja eeskätt dokumente, mille põhiosaks oleksid näitajad ja meetmed. Praegu tundub, et pimesi edusamme loendades ja näitajaid taga ajades kipuvad inimeste väärtused meelest minema. Loomulikult on vaja palju asju korda teha, uusi ronge ja laevu osta, teeauke parandada, lund rookida ja nii edasi. Võiks aga meeles pidada Eugene O’Neilli ütlust „Me võitlesime nii kaua väikeste asjadega, et muutusime ka ise väikeseks”. Kõige olulisem nii meil kui mujal tundub aga olevat see, et noored inimesed saaksid hakkama ning suudaksid teadmiste tulvas õige tee ja väärtused valida.

Tähtpäevanumbrisse mahuvad veel Johnny B. Isotamme (alias Jaan Isotamm, Akadeemia socialia-osakonna toimetaja aastatel 1989–2003) epigrammid ja kolleegiumi liikme Peeter Oleski arvustus Ivar Piiri füüsikaõpiku kohta.