Esimesed riigiabi käsitlevad analüüsid telliti alles 2013. aastal, kui komisjon oli juba menetluse algatanud. Selleks ajaks olid aga ASile Estonian Air raha andmise otsused, mis komisjoni negatiivse seisukohani viisid, ammu tehtud: komisjonile sai määravaks 2011. a otsus eraldada ASi Estonian Air laienemisstrateegiaks 30 miljonit eurot, kusjuures komisjoni sellest ei teavitatud. Seega põhjustasid Riigikontrolli hinnangul komisjoni negatiivse otsuse eelkõige enne komisjoni teavitamist (2012) tehtud valitsuse otsused ja ilmselt poleks ka hilisem parem kommunikatsioon riigiabimenetluses otsust muutnud.