Rekonstrueerimistööd on toonud muutusi ka muuseumi püsiekspositsioonis. Uuendusena avati Väikese kabeli teisel korrusel uus näitusepind ehk galerii.

Mahukate ehitustööde käigus valminud lift ja taevakorrus on Eestis ainulaadsed, arvestatud on erivajadustega inimestega ja liftiga saavad torni tippu sõita kõik soovijad. Külastajatele avatakse ka vanad trepikäigud, mida mööda ülespoole tõustes saab avastada keskaegse torni arhitektuuri ja kirikukelladele pühendatud väljapanekut.

Eesti Kunstimuuseumi suurprojekt – Niguliste torni renoveerimine ja liftiehitus, Väikese kabeli lisakorrus, hoone välimuse värskendus ja uute tehnosüsteemide paigaldamine ‒ sai Eesti Kunstimuuseumi peadirektori Sirje Helme sõnul alguse abstraktsest mõttest sõita liftiga üles torni ja vaadata alla linnale. „Sellest mõttest kasvas välja mahukas renoveerimisprojekt, sest torni seisukord oli keerukam, kui keegi oskas arvata. Nagu ikka ajalooliste hoonete puhul, tuli renoveerimise käigus ette palju olukordi, mis nõudsid kiiret reageerimist ja nutikaid lahendusi. Ehitusprotsess oli heade ja halbade üllatuste jada. Tulemus on aga suurepärane: oleme saanud kordatehtud ja hästi funktsioneeriva hoone, mis on kaasaegne ja turvaline kodu Eesti kõige hinnalisemale keskaegse kunsti kogule,“ ütles Helme.

Niguliste muuseumi renoveerimis- ja arendustööd on teostatud Eesti Kunstimuuseumi rahaliste vahenditega. Lifti ja taevakorruse arhitektuurse lahenduse ja kujunduse autorid on KOKO arhitektid, ehitustööd teostas OÜ Tarrest LT.