Üks kõige suuremaid vaidlusi tekitavaid elemente uue süsteemi puhul oleks Euroopa Komisjoni õigus võtta riikide piiride valvamine üle uue Euroopa piiri- ja rannikuvalve juhtimiskomisjoni soovitusel. See kehtiks ka Schengeni ala liikmete kohta, kes ei kuulu Euroopa Liitu, näiteks Norra puhul. Kuigi liikmesriikidega konsulteeritaks, ei oleks neil õigust Euroopa piirivalve oma piirile paigutamist vetostada.

Ametnike sõnul on ettepanek seaduslik Euroopa Liidu lepingu artikli järgi, mis räägib „välispiiride integreeritud juhtimissüsteemi järkjärgulisest sisseviimisest“. Mõnede diplomaatide sõnul tähendab selline sõnastus piirivalve täielikku tsentraliseerimist.

Kui plaan heaks kiidetakse, saab uus Euroopa piirivalve õiguse palgata ja kontrollida oma piirivalvureid ja osta oma tehnika. Uus agentuur saab õiguse välja saata inimesi, kellel ei ole õigust Euroopasse jääda. Samuti saab uus piirivalve õiguse kasutada liikmesriikide reservis olevaid piirivalvureid.

Liikmesriigid säilitavad igapäevase kontrolli oma piiride üle, kuid uus agentuur võib jälgida nende tegevust ja sekkuda, kui tunneb, et piiri valvamine ei ole asjakohane.