Endometrioosi korral kasvab ja toimib emakat vooderdav limaskest ehk endomeetrium kolletena väljaspool emakaõõnt. See tekitab põletikku, mis omakorda toob kaasa kroonilise alakõhuvalu, valuliku suguühte, valu urineerimisel ja sooletegevuses ning sageli ka viljatuse.