Veel keskajal oli kogu piirkond vee all ja merepiir ulatus peaaegu linnamüürini. Maapinna tõus pärast jääaega võidab igal aastal Eestile mõne millimeetri mere arvelt maad juurde ja seetõttu on Tallinna sadama asukoht alates muinasajast mitmeid kordi muutunud.

Sadama ja Admiraliteedi rajamisel mängis olulist rolli Peeter I, kes pärast Põhjasõjas Eesti alade võitmist tegi otsuse hakata Tallinnasse ehitama sõjasadamat. Koos sadama ehitusega andis ta 2. veebruaril 1714. aastal korralduse rajada ka Admiraliteet, kus laevasid parandada ja hiljem ka ehitada.