Suurte vangide arvu tõttu valitsevad kinnipidamisasutustes kehvad tingimused. See on režiimile lisavõimalus võimude vastu kriitilisi isikuid taga kiusata. Amnesty Internationali teatel on Egiptuse riiklik julgeolekuagentuur töötanud välja valitsusvastasuse karistamise juhised. Meetmete hulka kuuluvad näiteks poliitvangide pikk üksikvangistus, nende toidust ja hügieenitarvetest ilmajätmine ning tervisehädade korral arstiabi mitteandmine. Rahvusvaheliste standardite järgi on kirjeldatud teguviis piinamine.