Allveelaev osales Läänemerel sõjategevuses alates 1941. aastast, sealhulgas Balti laevastiku kõikides operatsioonides ja isegi Laadoga lahingus.

M-96 ülesanded olid peamiselt luurega seotud, ning operatsioonid toimusid Nikolai Kartašovi juhtimise all. Viimaseks mereleminekuks jäi aga nii allveelaevale kui selle 22 meeskonnaliikmele 7. september 1944. aastal, mil neile anti ülesandeks ületada Saksa üksuste poolt veesatud miiniväli. Meeskonnaga kaotati side üsna pea peale avamerele jõudmist, ning usuti, et sihtkohaks olnud Narva lahte nad kunagi ei jõudnudki.