Ministeeriumi teatel on töölepingu lõpetamise põhjuseks Mereakadeemia rektori töökohustuste rikkumised, mille tuvastas ministeeriumi siseauditi osakond.

Rikkumised on valdavalt seotud rahaliste vahendite mitteõiguspärase ja ebaotstarbeka kasutamisega. Mereakadeemia on mitmete toimingutega sattunud vastuollu riigihangete seadusega ja riigieelarve seadusega.

Näiteks on õppeasutus teinud eelarves kulutusi, milleks seal vahendeid ette nähtud ei ole, mis on lisaks riigieelarve seaduse rikkumisele tekitanud olukorra, kus Mereakadeemia on tänaseks kulutanud kolmveerandi käesoleva aasta eelarve kogumahust.

Samuti ei ole Mereakadeemia taganud talle kasutusse antud riigivara kasutamist vastavalt riigivara seadusele, andes seda ilma vastavate volitusteta kolmandate isikute kasutusse.

Haridus- ja teadusministeerium on mitmel korral juhtinud rektori tähelepanu puudustele Mereakadeemia tegevuses. Mereakadeemia on kinnitanud kavatsust puudused likvideerida, kuid on suur osa antud lubadustest jäänud täitmata.

Kuni avaliku konkursi korras valitud rektori ametisse nimetamiseni täidab Eesti mereakadeemia rektori kohuseid Märt Tomson. Märt Tomson on majandusteaduste kandidaat. Ta on töötanud Tallinna sadamas, Eesti merelaevanduses, Tallinna tehnikaülikoolis ning haridus- ja teadusministeeriumis.